Fundacja rodzinna podlega wpisowi do rejestru fundacji rodzinnych. Co istotne, z chwilą wpisu do tego rejestru uzyskuje osobowość prawną i staje się podmiotem praw i obowiązków fundacji rodzinnej w organizacji. Rejestr fundacji rodzinnych nie wchodzi w skład Krajowego Rejestru Sądowego. Prowadzi go Sąd Okręgowy w Piotrkowie Trybunalskim, zwany w ustawie o fundacjach rodzinnych sądem rejestrowym. Rejestr ten jest prowadzony w systemie informatycznym. W postępowaniu przed tym sądem stosuje się przepisy Kodeksu postępowania cywilnego o postępowaniu nieprocesowym, chyba że ustawa stanowi inaczej. W wielu aspektach postępowanie to jest prowadzone według analogicznych zasad jak postępowanie dotyczące wpisów do rejestru przedsiębiorców KRS.
Wpis do rejestru fundacji rodzinnych jest dokonywany na wniosek, chyba że przepis szczególny przewiduje wpis z urzędu. Zgłoszenia fundacji rodzinnej ustanowionej w akcie założycielskim dokonuje fundator. Jeśli zaś została ona ustanowiona w testamencie, zgłoszenie fundacji rodzinnej do rejestru fundacji rodzinnych to obowiązek zarządu. W takim przypadku zgłoszenie fundacji rodzinnej do rejestru podpisują wszyscy członkowie zarządu. Zgłoszenie do rejestru fundacji rodzinnych jest wnioskiem o wpis do tego rejestru.
Wniosek o wpis w rejestrze fundacji rodzinnych składa się na urzędowym formularzu. Wzory tych formularzy zostały określone w rozporządzeniu Ministra Sprawiedliwości (Dz. U. z 2023 r. poz. 974). Przykładowo wniosek o rejestrację fundacji rodzinnej w rejestrze fundacji rodzinnych ma symbol RFR-W, a o zmianę RFR-Z. Formularze te są udostępniane zainteresowanym za pośrednictwem wyznaczonych pracowników lub przez wyłożenie w siedzibach sądów okręgowych. Przy tym, zgodnie z § 2 ust. 4 powołanego rozporządzenia, dopuszczalne jest zgłaszanie omawianych wniosków na wydrukach urzędowych formularzy udostępnionych za pośrednictwem internetu w BIP na stronie podmiotowej Ministra Sprawiedliwości.
Opłata sądowa od wniosku o rejestrację fundacji rodzinnej wynosi 500 zł. Natomiast koszt złożenia innych wniosków do rejestru fundacji rodzinnych to 250 zł. Z kolei jedna opłata w kwocie 100 zł jest pobierana od skargi na orzeczenie referendarza sądowego, chociażby dotyczyło kilku wpisów w rejestrze fundacji rodzinnych.
Sposób prowadzenia rejestru fundacji rodzinnych, szczegółową treść wpisów w tym rejestrze oraz tryb i sposób udzielania informacji z tego rejestru określa rozporządzenie Ministra Sprawiedliwości w sprawie rejestru fundacji rodzinnych (Dz. U. z 2023 r. poz. 971). Zgodnie z nim numer RFR to numer, pod którym fundacja rodzinna jest wpisana do rejestru.