Obligatoryjny mechanizm podzielonej płatności ma zastosowanie przy regulowaniu należności przez nabywcę, jeżeli przedmiotem transakcji są towary lub usługi wskazane w załączniku nr 15 do ustawy o VAT oraz kwota należności brutto wykazana na fakturze dokumentującej dostawę towarów lub świadczenie usług z załącznika nr 15 do ustawy o VAT przekracza 15.000 zł, a czynność jest dokonywana na rzecz podatnika.
Natomiast sprzedawca w takiej sytuacji ma obowiązek zamieścić na fakturze oznaczenie "mechanizm podzielonej płatności".
MPP znajduje zastosowanie także do wpłacanych przed wystawieniem faktury zaliczek. Gdy podatnik dokonuje wpłaty na poczet takiej zaliczki, wówczas w komunikacie przelewu w miejsce numeru faktury powinien wpisać wyraz "zaliczka". Taki sposób oznaczania komunikatu przelewu dotyczy zarówno obowiązkowego MPP, jak i dobrowolnych płatności w tym mechanizmie.
Ministerstwo Finansów w objaśnieniach zamieszczonych na swojej stronie internetowej dotyczących MPP wyjaśniło, że w przypadku zapłaty zaliczki w MPP, podatnik powinien być w stanie udokumentować, że płacona przez niego zaliczka dotyczy konkretnej faktury, którą otrzymał po zapłacie zaliczki. Ministerstwo wskazało, że jeżeli podatnik nie będzie w stanie powiązać konkretnej płatności zaliczki z konkretną fakturą dokumentującą tę zaliczkę, istnieje ryzyko powstania wątpliwości, czy podatnik wywiązał się z obowiązku zapłaty w MPP, jeśli taki obowiązek u niego powstał w związku z tą zaliczką. Przy czym należy pamiętać, że w przypadku płatności zaliczek o tym, czy powstaje obowiązek zapłaty w MPP, decydują zasady ogólne, a więc wartość brutto faktury oraz przedmiot transakcji (nabycie towarów lub usług z załącznika nr 15 do ustawy o VAT). Ponadto resort zauważył, że zaliczki w MPP nie są objęte systemem płatności zbiorczych. Brzmienie regulacji w powyższym zakresie jednoznacznie odnosi się do opłacania faktur.
W celu zobrazowania obligatoryjnego MPP w przypadku zaliczek MF wyjaśniło, że w przypadku np. usług budowlanych, gdy zawarta jest umowa na wykonanie usług budowlanych z załącznika nr 15 do ustawy o VAT, o wartości brutto 30.000 zł, a zgodnie z postanowieniami umowy wykonawca rozlicza odrębnie trzy etapy wykonanych robót osobnymi fakturami o wartości brutto 10.000 zł każda faktura, obowiązkowy MPP nie będzie miał zastosowania. W takiej sytuacji wartość transakcji przekracza łącznie 15.000 zł, jednak do wystąpienia obowiązku zastosowania MPP konieczne jest przekroczenie wartości brutto 15.000 zł przez kwotę należności ogółem na fakturze.